Per quel che ricordo ci sono stati alcuni casi in cui il problema è nato da un intervento maldestro dell'antivirus o (in altri casi) da blackout elettrici. In pratica l'antivirus individua una potenziale minaccia e cancella la relativa email, ma se interviene in maniera sbagliata elimina i codici che permettono a Thunderbird di separare i diversi messaggi di un archivio, con il risultato che hai evidenziato. '''Dopo un backup del profilo''' (https://support.mozilla.org/it/kb/profili-thunderbird#w_effettuare-una-copia-di-sicurezza-del-profilo) puoi provare a ridare congruenza all'archivio effettuando la compattazione delle cartelle https://support.mozilla.org/it/kb/compattazione-cartelle ma il risultato ottenibile dipende molto dalla gravità del danno